합병법인의 이월결손금 공제방법

피합병법인으로부터 승계받은 유형자산 처분이익은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액에 해당하며, 합병등기일이 속한 사업연도에 발생한 합병법인의 결손금은 공제제한 대상 결손금에 해당하지 않음

○ (질의1) 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 유형자산을 처분하여 발생한 과세소득이 법인세법 제45조제1항 및 같은 조 제5항제1호에 따른 “피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액”에 해당하는지 여부

○ (질의2) 합병등기일이 속한 사업연도에 발생한 합병법인의 결손금이 법인세법 제45조제1항에 따라 공제가 제한되는 결손금에 해당하는지 여부

2. 사실관계

○ A법인은 철강제조업, 극장용 부동산임대업 등을 영위하는 중소기업으로 2013.9.4. B법인을 흡수합병하였음

○ A법인은 합병 이전인 2011사업연도와 합병 당해 연도인 2013사업연도 및 이후 2017사업연도에 각각 결손이 발생하였으며 2019년말 현재 이월결손금 내역은 다음과 같음

(단위:백만원)

사업연도

발생액

기 공제액

잔액

2011

2,359

1,435

924

2013

6,400

6,400

2017

699

699

합계

9,458

1,435

8,023

○ B법인은 극장용 부동산임대업 영위 법인으로 2013.9.4. A법인에게 피합병되었으며, A법인은 B법인이 소유하였던 토지와 건물을 2020.3.13. 매각하였는바, 매매대금은 313억원이며 해당 부동산 매매에서 발생한 과세소득은 267억원임

3. 관련법령

○ 법인세법 제13조【과세표준】 (2020.12.22. 법률 제17652호로 개정되기 전의 것)

① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호의 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 제1호의 금액에 대한 공제는 각 사업연도 소득의 100분의 60[조세특례제한법 제5조제1항에 따른 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다)과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 100분의 100]을 한도로 한다.

1. 제14조제3항의 이월결손금 중 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 금액

• 가. 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금일 것

• 나. 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정ㆍ경정되거나 국세기본법 제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금일 것

○ 법인세법 제14조【각 사업연도의 소득】

③ 내국법인의 이월결손금은 각 사업연도의 개시일 전 발생한 각 사업연도의 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 금액으로 한다

○ 법인세법 제45조【합병 시 이월결손금 등 공제 제한】 (2020.12.22. 법률 제17652호로 개정되기 전의 것)

① 합병법인의 합병등기일 현재 제13조제1항제1호에 따른 결손금은 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액[제113조제3항 단서에 해당되어 회계를 구분하여 기록하지 아니한 경우에는 그 소득금액을 대통령령으로 정하는 자산가액 비율로 안분계산(按分計算)한 금액으로 한다. 이하 이 조에서 같다]의 범위에서는 공제하지 아니한다.

② 제44조의3제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제한다.

⑤ 제1항과 제2항에 따른 합병법인의 합병등기일 현재 결손금과 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금에 대한 공제는 제13조제1항 각 호 외의 부분 단서에도 불구하고 다음 각 호의 구분에 따른 소득금액의 100분의 60(중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 100분의 100)을 한도로 한다.

1. 합병법인의 합병등기일 현재 결손금의 경우: 합병법인의 소득금액에서 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액을 차감한 금액

2. 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금의 경우: 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액

○ 법인세법 제113조【구분경리】

③ 다른 내국법인을 합병하는 법인은 다음 각 호의 구분에 따른 기간 동안 자산·부채 및 손익을 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다. 다만, 중소기업 간 또는 동일사업을 하는 법인 간에 합병하는 경우에는 회계를 구분하여 기록하지 아니할 수 있다.

1. 합병등기일 현재 제13조제1항제1호의 결손금이 있는 경우 또는 제45조제2항에 따라 피합병법인의 이월결손금을 공제받으려는 경우: 그 결손금 또는 이월결손금을 공제받는 기간

2. 그 밖의 경우: 합병 후 5년간

○ 법인세법 시행규칙 제77조【합병법인 및 분할신설법인등의 구분경리】

① 법 제113조제3항에 따라 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업과 그 밖의 사업을 구분경리함에 있어서 자산ㆍ부채 및 손익의 구분계산은 다음 각 호에 따른다.

4. 각 사업에 속하는 익금과 손금은 각 각 독립된 계정과목에 의하여 구분하여 기록하되, 각 사업에 공통되는 익금과 손금은 제76조제6항 및 제7항을 준용하여 구분계산. 다만, 합병등기일 전부터 소유하던 유형자산 및 무형자산의 양도손익은 합병등기일 전에 유형자산 및 무형자산을 소유하던 사업부문에 속하는 익금과 손금으로 본다